Donner, eğitim hayatı boyunca oryantalist çalışmaların filolojik derinliği ile modern tarihçiliğin analitik yöntemlerini birleştirmiştir. Princeton Üniversitesi’nde aldığı eğitim, Arapça kaynaklara hakimiyetini pekiştirirken, Chicago Üniversitesi'ndeki akademik ortamı ise onun toplumsal ve siyasi organizasyonlara odaklanan rasyonel bir tarih perspektifi geliştirmesine olanak sağlamıştır. Geleneksel İslam anlatılarını reddetmek yerine, bu anlatıları modern tarih metodolojisi ve eleştirel kaynak analiziyle süzgeçten geçiren bir ekolün temsilcisi olmuştur.
Fred M. Donner’ın literatüre kazandırdığı en temel teori, İslam fetihlerinin sadece dini motivasyonlarla değil, merkeziyetçi bir devlet organizasyonunun siyasi ve askeri başarısıyla gerçekleştiği tezidir. Fetihleri, kabile yapısından devlet yapısına geçişin bir sonucu olarak analiz etmiştir. Ayrıca, İslam’ın ilk yıllarını "Müminler Hareketi" (Believers' Movement) olarak tanımlayarak; bu hareketin başlangıçta tevhidi benimseyen Yahudi ve Hristiyanları da kapsayan, daha geniş ve ekümenik bir yapıya sahip olduğunu ileri sürmüş, "Müslüman" kimliğinin daha sonraki kurumsallaşma evresinde netleştiğini savunmuştur.
Donner, bilgi üretme sürecinde erken dönem Arap kronikleri ile arkeolojik ve nümizmatik verileri çapraz sorgulamaya tabi tutan ampirik bir yöntem izler. Kaynak eleştirisinde "metin içi tutarlılık" ve "tarihsel bağlam" unsurlarını ön planda tutar. Geleneksel anlatıların sunduğu dini idealizasyonu, siyasi ve askeri gerçekliklerle dengeleyen rasyonel bir tümdengelim yöntemini kullanır. Tarihsel süreçleri, toplumsal mühendislik ve kurumsal evrim merceğinden analiz etme eğilimindedir.
Yazarın 1981 yılında Chicago’da yayımlanan The Early Islamic Conquests (Erken İslam Fetihleri) adlı eseri, sahanın temel referans kaynağı kabul edilir. Bu kitapta fetihlerin lojistik ve siyasi altyapısı çözümlenir. Bir diğer kritik eseri olan 2010 tarihli Muhammad and the Believers: At the Origins of Islam (Muhammed ve Müminler: İslam’ın Kökenleri Üzerine), İslam’ın doğuş evresindeki toplumsal kimlik dönüşümünü ele alır. Ayrıca Narratives of Islamic Origins (İslam’ın Kökeni Anlatıları) adlı çalışmasıyla, İslam tarih yazımının geçirdiği evreleri ve tarihsel bilincin nasıl inşa edildiğini analitik bir dökümle sunmuştur.
Fred M. Donner, Chicago Üniversitesi’nde kurduğu akademik gelenek ve yetiştirdiği çok sayıda öğrencisiyle erken İslam araştırmalarına yön vermeye devam etmektedir. Orta Doğu Araştırmaları Derneği (MESA) başkanlığı gibi görevlerde bulunarak disiplinin kurumsallaşmasına katkı sağlamıştır. Erken dönem İslam tarihine ilişkin sunduğu revizyonist ancak rasyonel perspektif, güncel akademik tartışmaların merkezinde yer almakta ve hem Batı hem de İslam dünyasındaki tarihçiler üzerinde derin bir etki bırakmaktadır.